天道酬勤,学无止境

r-markdown

R Markdown bug (?) when displaying plots in a loop with headers

问题 我有一个奇怪的问题,这似乎是已知的(例如 https://github.com/yihui/knitr/issues/408),但到目前为止我还没有找到解决方案。 R markdown 中的以下代码应显示标题、情节、标题、情节、标题、情节; 相反,它显示了两个标题,一个情节,一个标题,2个情节。 我能做些什么来修复它,以便正确的标题显示正确的情节? ```{r, fig.height=2, fig.width=3, results='asis'} for (i in 1:3){ cat('\n') cat("#This is a heading for ", i, "\n") hist(iris[,i]) cat(' \n\n') } ```

2022-05-17 04:49:15    分类:技术分享    loops   plot   r-markdown

RNotebook cannot output due to html_dependency not found

问题 我无法让 R 从笔记本中输出任何工作。 我已经更新了所有软件包并重新安装了 R。我尝试预览并且收到的错误消息是“找不到 html_dependency 的路径”。 我相信这个问题可能与我的文件未能使用 .Rmd 文件创建 .nb.html 文件有关,但我不确定。 我用来确保它不是用户错误的方法是打开一个全新的会话和笔记本并尝试输出已经编写的脚本。 有任何想法吗? 编辑:这是我的代码,它是基本笔记本代码:---标题:“R Notebook”输出:html_notebook --- This is an [R Markdown](http://rmarkdown.rstudio.com) Notebook. When you execute code within the notebook, the results appear beneath the code. Try executing this chunk by clicking the *Run* button within the chunk or by placing your cursor inside it and pressing *Ctrl+Shift+Enter*. ```{r} plot(cars) ``` Add a new chunk by clicking the *Insert Chunk*

2022-05-17 04:32:08    分类:技术分享    r   r-markdown   rnotebook

Rendering rMarkdown File in a Markdown file

问题 如果我要在 rMarkdown 文件中使用rmarkdown::render(myFile) 。 如何让第一个 rMarkdown 文件显示渲染的第二个 rMarkdown 文件? 目前我有: {r other, results="asis"} myFile <- "SecondFile.Rmd" rmarkdown::render(myFile)但这只是输出在 markdown 被编织时生成的控制台文本,而显然我想要的 HTML 结果针织。 回答1 ```{r setup} library(htmltools) ``` ##Title ```{r generate, include=FALSE} rmarkdown::render(myFile) ``` ```{r print} includeHTML(myFile) ```

2022-05-17 04:16:17    分类:技术分享    render   r-markdown   chunks

Combine in flexdashboard with multiple pages different types of vertical_layout

问题 我创建了一个包含多个页面的 flexdashboard 文档。 我希望在第一页上使用vetical_layout: fill但在第二页上我希望在vertical_layout: scroll上。 我的文档是这样开始的: --- title: "DASHBOARD" output: flexdashboard::flex_dashboard: orientation: columns logo: logo.png vertical_layout: fill --- 如何查看带有vertical_layout: scroll的第二页? 回答1 您可以覆盖单个 (H2) 列上的全局vertical_layout值。 --- title: "Changing Vertical Layout" output: flexdashboard::flex_dashboard: orientation: columns vertical_layout: fill --- ```{r setup, include=FALSE} library(flexdashboard) library(ggplot2) ``` Page 1 ================================ Column {data-width=650} ----------------------------

2022-05-16 15:42:05    分类:技术分享    r   layout   r-markdown   flexdashboard

Combine in flexdashboard with multiple pages different types of vertical_layout

问题 我创建了一个包含多个页面的 flexdashboard 文档。 我希望在第一页上使用vetical_layout: fill但在第二页上我希望在vertical_layout: scroll上。 我的文档是这样开始的: --- title: "DASHBOARD" output: flexdashboard::flex_dashboard: orientation: columns logo: logo.png vertical_layout: fill --- 如何查看带有vertical_layout: scroll的第二页? 回答1 您可以覆盖单个 (H2) 列上的全局vertical_layout值。 --- title: "Changing Vertical Layout" output: flexdashboard::flex_dashboard: orientation: columns vertical_layout: fill --- ```{r setup, include=FALSE} library(flexdashboard) library(ggplot2) ``` Page 1 ================================ Column {data-width=650} ----------------------------

2022-05-16 15:40:11    分类:技术分享    r   layout   r-markdown   flexdashboard

Convert docx to Rmarkdown

问题 我的工作流程看起来包括生成包含数据分析的 Microsoft Word 报告(使用 Rmarkdown)。 然后使用 Word 的标注注释功能对这些报告进行审查和注释。 对 Word 文档中的评论进行编辑会更容易,所以我就是这样做的。 我现在想将这些更改延续到 Rmarkdown 文档中。 我怎样才能做到这一点? 我可以直接将 docx 转换为 Rmarkdown 吗? 我知道我可以使用 Pandoc 将 docx 转换为 markdown。 回答1 require(rmarkdown);require(devtools) examplefile=paste0(tempdir(),"/example.docx") download.file("https://file-examples.com/wp-content/uploads/2017/02/file-sample_100kB.docx",destfile=examplefile) pandoc_convert(examplefile,to="markdown",output = "example.rmd", options=c("--extract-media=.")) render(paste0(tempdir(), "/example.rmd"),"html_document") browseURL(paste0

2022-05-16 14:26:04    分类:技术分享    r   markdown   r-markdown   pandoc

R markdown link is not formatted blue when knitted to pdf

问题 出于某种原因,我的 R markdowns (rmd) 中没有链接被格式化为蓝色。 将下面的简单 rmd 编织为 pdf 会使文本颜色变为黑色。 只有将鼠标悬停在它上面时,才会意识到它实际上是一个链接。 将其编织到 html 将使链接变为蓝色。 当然我可以使用乳胶包装,但我想知道为什么会这样? sessionInfo() R 版本 3.3.0 (2016-05-03) 平台:x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) 运行于:Windows 7 x64 (build 7601) Service Pack 1 通过命名空间加载(未附加) ): knitr_1.15 RStudio 1.0.44 --- title: "R Notebook" output: pdf_document: default html_notebook: default --- ```{r, echo=F} # tex / pandoc options for pdf creation x <- Sys.getenv("PATH") y <- paste(x, "E:\\miktex\\miktex\\bin", sep=";") Sys.setenv(PATH = y) ``` [link](www.rstudio.com) 回答1 将urlcolor: blue添加到 yaml。

2022-05-15 14:57:26    分类:技术分享    r   pdf   markdown   r-markdown

How to type tilde in formulas in RMarkdown

问题 --- title: "See" date: "24 September 2016" output: html_document --- ```{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) ``` follows a Bernouli distribution $$y_i \~ Bernouli(p_i)$$ 回答1 我相信如果你这样做 $$ \sim $$ 这应该会产生您试图放入公式中的~ 。

2022-05-15 05:00:16    分类:技术分享    r   latex   r-markdown

Dropping frames of sections and subsections titles for knitr beamer slides

问题 使用法兰克福主题制作带有knitr的投影仪幻灯片时,PDF 输出包括带有节和小节名称的幻灯片。 --- title: Movies author: Chewy output: beamer_presentation: slide_level: 3 theme: "Frankfurt" --- ```{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE) ``` #Introduction ##Background ###History A long time ago ... ###History ... in a galaxy far far away #The End ##This the end ### My only friend, the end 给出这个输出...... 幻灯片 1-4: 幻灯片 5-8: 如何在保持幻灯片顶部显示的文档结构的同时摆脱带有节和小节标题的幻灯片(2、3、6 和 7)? 回答1 --- header-includes: - \AtBeginSubsection{} - \AtBeginSection{} ---

2022-05-14 13:56:04    分类:技术分享    r   latex   knitr   r-markdown   beamer

Use custom citation style in markdown using YAML header

问题 我正在尝试在降价文件中使用自定义引用样式,但每次编织时引用都使用默认(芝加哥)样式。 我尝试将输出格式从 JS 显示演示文稿更改为 HTML 文档到 PDF 文档,但它仍然不起作用。 我正在使用 knitcitations 包来引用文档的 DOI,并使用 bibliography() 函数来编写参考书目。 我也尝试过使用 Zotero 上的 apa.csl 样式,但引用仍以默认样式完成。 apa.csl 文件与我尝试在其中使用引文的文件存储在同一文件夹中,newbiblio.bib 文件也是如此,我在其中存储了我要引用的项目的书目信息。 下面是我的降价代码: --- title: "htmlcitetest" citation_package: natbib csl: "apa.csl" output: pdf_document: pandoc_args: ["--natbib"] biblio-style: unsrt bibliography: newbiblio.bib --- ```{r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) library(bibtex) library(knitcitations) options("citation_format" = "pandoc") library

2022-05-14 13:08:12    分类:技术分享    yaml   knitr   r-markdown   pandoc   citations