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保存tiff堆栈时如何指定颜色图(How to specify colormap when saving tiff stack)

问题 我在 python 中使用tifffile来保存 3 通道 tiff 堆栈,然后我想将其读入 ImageJ 或 FIJI。 这些 tiff 堆栈在 ImageJ 中作为合成打开,每个通道都分配了一个(大概是默认的)颜色图/LUT。 但是,分配的颜色不是对我的图像有意义的颜色。 我的问题是,在使用tifffile保存图像时,我无法弄清楚如何为每个通道指定颜色图。 例如,我想要以下颜色图分配: ch 0:灰色 ch 1:绿色 ch 2: 红色 这是我用来保存文件的代码: # save hyperstack with tifffile.TiffWriter(filename, bigtiff=False, imagej=True) as tif: for i in range(t_stack.shape[0]): tif.save(t_stack[i], metadata={'Composite mode': 'composite'}) 必须有元数据与保存通道颜色图信息的 tiff 一起保存,因为我可以在 ImageJ 中手动编辑颜色分配,然后保存,关闭它,然后当我再次打开文件时,它会保留我的手动颜色图分配。 所以我猜必须有一个元数据标签(也许是颜色图?)可以用来指定通道颜色,但我找不到关于使用什么标签或语法的任何信息。 回答1 自己创建私有的IJMetadata (50839)

2021-10-23 00:04:35    分类:技术分享    python   tiff   imagej   fiji

无法“链接”SimpleITK::Show() 与 FIJI(Can not “link”SimpleITK::Show() with FIJI)

问题 我在 Ubuntu 上运行。 调用 SimpleITK 的 Show 方法时,我无法在我的 FIJI (ImageJ2) 窗口中查看此类图像。 鉴于 FIJI 是一个可移植的应用程序,是否需要执行更多过程才能将 Show 方法与其正确链接? 提前致谢 回答1 SimpleITK 需要外部图像查看器来显示图像(ImageJ、3DSlicer、ITK-Snap 等)。 ImageJ 安装 去 https://imagej.nih.gov/ij/download.html 确保下载bundled with 64-bit Java 1.8.0_112版本 ImageJ 设置 转到 https://imagej.nih.gov/ij/plugins/nifti.html 下载nifti_io.jar 转到C:\blah\blah\ImageJ\plugins\Input-Output 从文件夹中删除现有的nifti_io.jar文件将下载的nifti_io.jar文件复制到文件夹中重新启动 ImageJ 并检查File -> Import -> NIfTI-Analyze是否存在如果有,说明插件安装成功 简单ITK设置 找到你的ImageJ.exe文件所在的路径打开cmd 输入setx SITK_SHOW_COMMAND "C:\blah\blah\ImageJ\ImageJ.exe"

2021-10-10 08:53:02    分类:技术分享    python   imagej   simpleitk   fiji

Can not “link”SimpleITK::Show() with FIJI

I am running on Ubuntu. When calling the Show method of SimpleITK I am not being able to view such image in my FIJI ( ImageJ2) window. Given that FIJI is a portable application, is it necessary to perform some more process in order to properly link Show method with it? Thanks in advance

2021-07-02 17:50:32    分类:问答    python   imagej   simpleitk   fiji

How to specify colormap when saving tiff stack

I'm using tifffile in python to save out 3-channel tiff stacks, which I then want to read into ImageJ or FIJI. These tiff stacks open as composites in ImageJ with each channel assigned a (presumably default) colormap/LUT. However, the colors that are assigned aren't the colors that make sense for my images. My problem is that I can't figure out how to specify the colormap for each channel when saving the image using tifffile. For example, I'd like to have the following colormap assignments: ch 0: grays ch 1: green ch 2: red Here's the code that I'm using to save the files: # save hyperstack

2021-06-10 21:05:29    分类:问答    python   tiff   imagej   fiji